N.C.I.S.: Unità anticrimine

Un gruppo di boy scout va in visita alla sede dell'NCIS. Giunti nel laboratorio scientifico, Abby invita un bambino a provare il lettore di impronte digitali e, a sorpresa, il sistema le riconosce. Appartengono a Carson Taylor, il figlio di un uomo scomparso da molto tempo...
Parker usa dei mezzi discutibili per trattenere Carla all'interno del Paese, tanto da obbligare Vance a farlo controllare dalla squadra. Gli agenti però, nonostante l'indagine ormai competa all'FBI, decidono di aiutarlo. Insieme, trovano il finto agente Ford, che aveva partecipato al rapimento di Parker, e lo costringono a rivelare dove si trova Carla.
Il Vice Ammiraglio Harriet Parker ordina un attacco missilistico contro la Quentin, ma la nave implode un attimo prima che il comando possa essere eseguito. Si ipotizza un incidente dovuto alla presenza di armamenti militari a bordo, ma mentre Jimmy cerca di identificare i resti delle vittime, Kasie scopre che Parker si è salvato, fuggendo a bordo di un gommone di salvataggio.